Pjesëmarrësit e plotësojnë pyetësorin në klasë gjatë orës së mësimit (pyetësori zgjat 45 minuta).
Pyetësori HBSC që përdoret në Maqedoninë e Veriut përmban pyetje ndërkombëtare dhe kombëtare. Një ekip ekspertësh nga vendet që marrin pjesë në studim i harton pyetjet ndërkombëtare, ndërsa ekspertët maqedonas shtojnë disa pyetje kombëtare me qëllim mbledhjen e më shumë të dhënave për tema specifike. Për arsye etike dhe për të mos i ngarkuar tepër pjesëmarrësit më të rinj, disa pyetje (ato për përdorimin e substancave të paligjshme dhe për seksualitetin) përfshihen vetëm në versionin e gjatë të pyetësorit, i cili është i destinuar për nxënësit e klasës së tetë dhe të nëntë, të cilët zakonisht janë 14 ose 15 vjeç.